Fly Havayolları 7 Ekim 2005 tarihinde İstanbul'dan Irak Erbil'e , 10 Ekim 2005 tarihinde ise İstanbul'dan Irak Süleymaniye'ye charter seferler düzenlemek için Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü'nden (SHGM) müsaade talep etmiştir.

Konuyla ilgili kurum ve kuruluşların, olumlu mütalaası ve yapılan incelemelerin yanı sıra Türkiye'nin ve Irak'ın üyesi bulunduğu Uluslararası Sivil Havacılık Örgütü (ICAO) tarafından yayınlanan Ek-17 gereğince; 'Ülkeler tarafından, uluslararası trafiğe açılan hava alanlarında alınan güvenlik önlemlerinin, uluslararası standartlarda olması zorunluluğundan' Süleymaniye ve Erbil charter uçuşları müsaadelendirilmiştir.

Uçuşlar başladıktan sonra, Erbil uçuşlarını yüzde 90, Süleymaniye uçuşlarını ise yüzde 10 doluluk oranıyla gerçekleştiren Fly Havayolları, yolcu potansiyelinin beklenen düzeyde olmaması nedeniyle 7 Ocak 2006'da ticari nedenlerle Süleymaniye uçuşunu durdurmuştur.

Süleymaniye ve Erbil'e yönelik uçuşların müsaadelendirilmesi sırasında veya daha sonra Ulaştırma Bakanlığı ile Dışişleri veya İçişleri Bakanlıkları arasında herhangi bir gerginlik yaşanmamış olup tüm bu süreçler söz konusu Bakanlıklar ile gerekli koordinasyon sağlanarak yürütülmüştür.