Havaalanları Daire Başkanlığının görevleri 3 Müdürlük ve bir birim altında yürütülmektedir. Bunlar;

• Yer Hizmetleri Müdürlüğü
• Havaalanı Standartları ve Sertifikasyon Müdürlüğü
• İşyeri ve Kolaylıklar Müdürlüğü
• Çevre Birimi
  
  Hava Alanları Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:

İnşa edilecek sivil hava alanları, helikopter iniş-kalkış alanları, deniz hava tesisleri ve sivil havacılıkta kullanılacak her türlü iniş-kalkış pistlerinin yer seçimine ait kriterleri belirlemek, uygulamaları denetlemek.

Mevcut sivil hava alanları ile helikopter iniş-kalkış alanları ve deniz hava tesislerinin işletilmesine ve geliştirilmesine ait esasları belirlemek ve uygulamaları denetlemek.

Sivil hava trafiğine açık hava alanlarının sertifikalandırılma esaslarını belirlemek ve uygulamaları denetlemek.

Sivil hava alanlarının mania planlarını hazırlamak, planlara uyulması konusunda ilgili kuruluşlar ile iş birliği yapmak, yerel yönetimlerin mania planı kapsamında hazırlayacakları imar planlarına uygun görüş vermek.

Sivil hava alanlarının diğer amaçlarla kullanılmasına ilişkin esasları belirlemek, ilgili kuruluşlara bildirmek ve iş birliği sağlamak.

Hava alanlarında görev alacak hizmet sağlayıcılarının yetkilendirilmesi ile ilgili düzenlemeleri yapmak, ulusal mevzuat hükümlerine uygun olarak emniyetli ve güvenli bir şekilde yürütülmesini sağlamak üzere gerekli önlemleri almak veya aldırtmak, denetlemek ve uygulamaları takip etmek.

Hava alanı kolaylıkları konusunda uluslararası standartların uygulanmasını sağlamak ve takip etmek.

Genel Müdür tarafından verilecek benzeri görevleri yapmak.